Em Itália declara "nula e de nenhum valor" a capitulação a que, sob coação, fora forçado em Évora-Monte. Viveu o resto da vida na Alemanha, onde se casou com a Princesa Adelaide de Löwenstein-Wertheim-Rosenberg. O casal teve seis filhas e um filho.
O principal pretendente ao trono português na atualidade, D. Duarte Pio de Bragança, é bisneto de D. Miguel I, sendo também trineto de Pedro I do Brasil e IV de Portugal, pelo lado materno.